会社法施行により監査役には、業務監査権限を有するものと　業務監査権限が無く会計監査権限のみを持つもの　の２種類に区分されることになりました。
業務監査権限を有する監査役には、
　・監査報告書の作成義務
　・業務執行の監査権
　・不正行為を取締役会に報告する義務
　・取締役の行為の差し止め請求権
　・取締役会への出席義務、意見陳述義務（取締役会議事録への署名等も必要）
　・株主総会の議案に対する調査報告義務
　・各種の調査権
　
等の権利や義務があり、任務を怠って会社に損害を与えたときには賠償責任があります。（会社法381-389条，423条他）
　
さて、会社法施行前の小会社の監査役には業務監査権限は無かったのですが、会社法施行後は小会社でも公開会社（会社の登記簿に、株式の譲渡制限を付けていない会社） であれば監査役は業務監査権限を持ち、先述の権利義務を負うこととなりました。
小会社の公開会社の監査役は会社法の施行によって権限に重大な変化が生じ、会社法336条4項3の規定が適用されることとなるので任期が一旦満了し、「監査役の退任及び就任による変更の登記」 も必要になったのです。
この登記は平成18年11月までに行わなくてはなりませんが、会社法施行後新たな監査役が 選任されていない場合は「会社法施行日に現に監査役である者」が業務監査の権利義務 を有します。
　

小会社かつ公開会社では、登記手続としては「監査役の退任及び就任による変更の登記」だけが必須事項ですが、今後、監査役には重大な責任が加わり、取締役会の出席義務や監査報告書の作成義務などの負担も増えることになります。
　
株式の上場予定がない小会社では、株式の譲渡に制限を加えて非公開会社にすれば監査役の業務監査権限をはずすこともできますし、さらには監査役の廃止、取締役会の廃止等 会社の機関設計の自由度を増すことができます。非公開会社ではその他会社運営の手続が簡素化できる部分もありますので、差し支えなければ会社の機関設計を見直されてはいかがでしょうか？
　
注：
監査役には2種類ありますが、会社法においては業務監査権限を持つ監査役が置かれている会社だけを「監査役設置会社」と言います。(会社法2条9) 　ところが、会社の登記事項証明書には会計監査に限定された監査役を置いた会社も「監査役設置会社」と記載されますのでご注意下さい。
　
監査役に業務監査権限を与えない場合は、会社の業務監査の権限のうち、会社法357,367,371,426条その他が定める権限を株主が有することになります。
　
会社法では非公開会社の監査役を株主に限ることを定款に定めることもできます。