登記簿(登記事項証明書)に記載されている建物の床面積が、建築確認書に書かれた床面積や、固定資産台帳に登録されている床面積と違っていることがあります。
その原因としては次の３つが考えられます。

１．床面積の計算の規則が違うため
　床面積を計算する時の規則は、登記、建築確認、固定資産のそれぞれで微妙に異なります。特に特殊階やガレージについて、建築確認の床面積と登記簿の床面積の計算方法に差があり、これが原因で差が出ることが多いです。
　またマンション(区分建物)の場合は、廊下やホールなどの共用部分が登記簿の床面積には含まれないのに対し、固定資産税の課税対象床面積には算入される等の理由で、 一般的に登記簿面積の方が小さくなります。

２．床面積の変更の登記をしたけれど、固定資産台帳が更新されていないため
　床面積を変更する登記を行うと役所の固定資産税課に通知されますが、役所が固定資産台帳を更新するのは翌年度になりますので（その年の1月1日時点の床面積が台帳に記載されます）、 それまでの間は変更前の床面積が固定資産評価証明書に記載されます。

３．増築・一部取毀の登記を行っていないため
　増築や一部取毀で建物の床面積が変化しても登記を申請しない限り登記簿の床面積は変更されませんが、役所の固定資産税課は定期的に建物をチェックしているので、固定資産台帳の床面積は登記申請がなくても更新されることがあります。
（不動産登記法では、建物所有者は「変更があった日から一月以内に、当該登記事項に関する変更の登記を申請しなければならない」と定めています。）

床面積に相違がある理由が上記の１，２である場合は、別段問題はありません。
(2010.1.8更新)