権利の登記が悪意の第三者によってなされることを防止するために、登記所は本当の申請人から申請がなされていることをチェックする必要があります。以前の不動産登記法では登記義務者の「印鑑証明書」と「登記済証（権利書）」の２つがそろえば、申請は本当の申請人からされたとみなされ、登記が受け付けられました。そして登記が終わって登記権利者に交付される登記済証が、次回の登記申請の権利書として使われていました。
　2005年3月7日の新不動産登記法施行後も、オンライン指定庁になっていない登記所の管轄地域では上記の申請形式が引き継がれます。

　ある不動産の管轄登記所がオンライン指定庁に指定された場合、初回の登記申請時には印鑑証明書と従来の登記済証（権利書）を添付しますが、登記完了後には登記済証（権利書）は交付されず、かわりに登記識別情報という符号が交付されます。次回以降の登記申請には、印鑑証明書（電子署名も可）と登記識別情報を添付します。
　新不動産登記法になって、申請に添付する書面・情報の形態は変わりますが、申請の基本的な構造には変わりがありません。ただ、新不動産登記法では本人確認に要する手続きが以前より厳格になっています。

　権利書が紛失などの理由で提出できない場合には、以前の不動産登記法では本人確認のために保証人の制度が定められていました。この制度では、まず申請人が本人であることを保証する保証人を２人立てた上で、保証人の実印を押した保証書と、保証人の印鑑証明書を登記申請書に添付していました。さらに、登記所から申請人の住所地に郵送される申請の通知書に対して、発送後3週間以内に申請が真実であることの申し出を行って登記が受け付けられていました。

　さて、本人確認として保証人を使う方法では、組織的な犯罪者により不正な登記が行われかねないという問題がありました。そこで不動産登記法を改正するにあたって本人確認をより厳格にすることとなり、保証人の制度が廃止されました。
　新しい制度では、権利書や登記識別情報を提出できないときは、まず印鑑証明書（電子署名も可）に加え申請人本人であることを証する書面や情報を登記所に提出します。本人を証する書面とは、運転免許証，パスポート、写真入りの住基ネットカード等です。
　その後、本人が登記を申請したことを再度確認するために、申請があったことの通知書が本人限定受け取り郵便によって申請人の住所地に連絡されます。申請人が住民票を移して3ヶ月を経過していないときには前の住所地にも連絡されます。申請人は連絡を受けたのち、郵便局に出頭して郵便局員に本人確認を受けた上で通知書を受け取ります。さらに通知書発送後2週間（海外在住者は4週間）以内に申請が真実であることを登記所に申し出て、登記が受け付けられます。

　権利書や登記識別情報を提出できないときの本人確認として上述の手続が定められましたが、これではあまりに煩雑なので、資格代理人（司法書士など）が作成する本人確認情報を登記所に提出するか、公証人の本人確認によって上記の手続を省略できる規定も定められました。