インターネットから登記識別情報をダウンロードしたときは、データは暗号化されていますので、このデータを次回の登記申請に使うことはできません。
暗号化されたデータから、登記申請に使える12桁の登記識別情報を取り出すことを、復号化といいます。

登記識別情報を復号化するには、法務省が提供する「登記識別情報関係様式作成支援ソフト」を用います。このソフトに、暗号化された登記識別情報と、申請時の暗号化鍵生成時に使ったパスワードを入力することで登記申請に使える12桁の登記識別情報が得られます。

ダウンロードした登記識別情報を電子データのまま保管する時は、データのバックアップ体制を整えた上で保管されることを強くおすすめします。
特に、民生用でよく利用される、フロッピーディスク、CD-R、DVD-R、フラッシュメモリー（USBメモリー）等のメディアは時間と共に劣化し、データを10年以上確実に保存できるものはありませんのでご注意下さい。